I primi interventi di scavo condotti ed in qualche modo documentati nell’isola di Torcello possono essere datati alla fine del XVII secolo quando un medico Veneziano, Giulio Malvicini, acquista dalle monache di san Gerolamo una vigna a Torcello in località Sant’Angelo, qui durante i lavori di riqualificazione del sito rinvenne le fondazioni dell’antico Monastero di Sant’Angelo in Zampenigo e vi fece erigere sopra una piccola cappella. Ma è nel corso del XIX secolo che inizia una vera e propria corsa agli scavi ed ai sondaggi archeologici nell’isola, condotti per lo più in relazione ai restauri del complesso monumentale di santa Maria Assunta. Protagonisti di questa vicenda sono personalità di primo piano del panorama storico e del restauro veneziano da Giuseppe Casoni e Giovanni Davide Weber che nel 1832 intervengono a lato del canale dei Borgognoni; da Cesare Augusto Levi, autore di alcuni sondaggi nell’aera centrale dell’isola; da Federico Berchet, che nel 1892 condusse i primi scavi nell’area del battistero e dall’architetto Domenico Rupolo che aprì una serie di scavi sia all’interno della Basilica sia nelle aree adiacenti e dai quali emerse la famosa lapide Torcellana oggi conservata nell’abside della cattedrale.

Il ‘900 si apre invece con gli ultimi interventi del Rupolo attorno alle fondazioni del campanile e con l’opera del proto della Basilica di san Marco, Ferdinando Forlati, al quale si devono una serie di restauri e scavi dai quali emersero le fondazioni della piccola chiesetta che la tradizione vorrebbe essere intitolata a san Marco.

Nel 1960 Giampiero Bognetti, da poco arrivato alla Fondazione Cini di Venezia, annunciò di voler intraprendere alcuni sondaggi archeologici nell’isola lagunare con lo scopo di chiarire alcuni punti della storia veneziana. L’intervento venne affidato ad un’equipe condotta da Lech Leciejewiz dell’Istituto di storia della Cultura Materiale dell' Accademia polacca delle scienze, che tra il 1961 ed il 1962 effettuò due sondaggi di scavo rispettivamente dietro e davanti alla basilica ed i cui risultati, pubblicati nel 1977, sono ancora oggi tra gli elementi più interessanti degli inizi della storia dell’archeologia medievale italiana. Parallelamente, la Soprintendenza, che autorizzò lo scavo dei “Polacchi”, eseguiva, sotto la direzione di Giulia Fogolari, un altro scavo nella parte meridionale del isola dove vennero portate alla luce le fondazioni della chiesa di San Giovanni Evangelista.

Nella prima metà degli anni 80 l’allora funzionario della Soprintendenza Archeologica del Veneto, Michele Tombolani, volle eseguire, secondo i moderni metodi stratigrafici, un’ulteriore sondaggio di scavo nell’area retrostante la basilica a pochi metri da quello condotto nel 1961, onde verificarne le correlazioni. A questo intervento seguì appena dieci anni dopo una nuova stagione di scavi inaugurata da Maurizia De Min con il restauro del battistero e della quarta navata della Basilica. A questa operazione si aggiunsero, a partire dal 1993, una serie di nuovi interventi coordinati dalla Soprintendenza Archeologica per il Veneto e localizzati inizialmente nella zona attorno alla piazza, che vide un’intensa stagione di scavi archeologici condotti dal 1995 al 2008 da Luigi Fozzati e Marco Bortoletto e successivamente allargati, mediante una serie di campagne di scavo sia terrestri che subacquee, su gran parte dell’isola che, nel frattempo, era stata sottoposta ad un’imponente opera manutentiva da parte sia del Comune che del Magistrato alle Acque e le cui operazioni si conclusero solo nella primavera del 2012.